玩家在游戏中将操作一位宝可梦训练家来游历丰缘地区、战胜 8 位道馆馆主并挑战四天王及冠军。除了保留原版中新引入的宝可梦外，游戏还引入了烈空坐的剧情、加入了通关后的对战开拓区等内容供玩家游玩。

《宝可梦 绿宝石》的故事设定在与前作关都地区和城都地区有一定距离的丰缘地区，其设计基于日本的九州岛和九州地方，然而相比其原型旋转了 90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。丰缘地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。增田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地区是个有“丰富缘分”的场所，表示人与宝可梦关系的主题。

因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的……显示全部主角，在未白镇与小田卷博士的孩子一同踏上了旅行。冒险途中，主角遇到了想要扩大陆地的熔岩队和想要扩大海洋的海洋队。熔岩队老大赤焰松用朱红色宝珠释放了固拉多，但却未能成功控制。为了控制固拉多并满足自己扩大陆地的野心，熔岩队尝试抢夺绿岭宇宙中心的火箭燃料，并利用它们让烟囱山喷发。然而一波未平，一波又起。在主角和大吾一同成功控制了绿岭宇宙中心的局面后，海洋队老大水梧桐在海底洞窟用靛蓝色宝珠唤醒了盖欧卡。固拉多和盖欧卡的争斗引起了丰缘地区东部海洋天气陷入异常，时而烈焰当空，时而狂风暴雨。为了平息固拉多和盖欧卡的争斗，主角需要前往天空之柱唤醒烈空坐并寻求它的帮助。主角力挽狂澜、平息超古代宝可梦所带来的灾难后，将到达彩幽市的宝可梦联盟，挑战四天王和冠军。